Mari Makinami vliegt in Provisional Unit-05 om de Derde Engel te verslaan. Asuka Langley Shikinami en EVA-02 verslaan de Zevende Engel. De Achtste valt het hoofdkwartier van NERV aan. EVA-03 wordt overgenomen door de Negende Engel en Shinji wil dat voorkomen en verneemt dat Asuka aan boord is. Gendoh schakelt EVA-01 over naar het dummy-systeem en valt EVA-03 aan...