Prins Nuada is vastbesloten om het eeuwenoude pact tussen de mensheid en de mythische wezens te verbreken, omdat hij met zijn duistere Gouden Leger de mensheid wil vernietigen. Hellboy gaat de strijd aan met Nuada om de wereld van de ondergang te redden. Hierbij krijgt hij hulp van zijn vriendin, Liz, die met haar gedachtenkracht alles kan verbranden.