De wereld wordt bedreigd door monsterlijke wezens, 'Engelen' genaamd. Het lot van de mensheid wordt overgelaten aan de paramilitaire organisatie NERV. De 14-jarige Shinji Ikari moet de biomachine EVA-01 besturen. Hij en Rei Ayanami, de piloot van EVA-00, moeten vechten, maar EVA-01 is beschadigd door de Zesde Engel. Misato Katsuragi wil alle elektriciteit van Japan concentreren in het wapen van EVA-01 om de Engelen te verslaan.