De gevaarlijke Storm King is Canterlot binnengevallen om de toverkracht van de pony's te stelen. Voor het eerst in hun leven verlaten Twilight Sparkle, Applejack, Pinkie Pie, Rainbow Dash, Fluttershy en Rarity de ponystad. Ze wagen zich aan een ongelofelijke reis: tijdens hun zoektocht naar hulp doorkruisen ze magische bergen, ontdekken ze onderwaterwerelden en belanden ze zelfs op een vliegende piratenboot.