Na een monsterlijke storm vinden Thomas en Percy vreemde voetafdrukken. Ze willen graag weten van wie of wat de afdrukken zijn. Tijdens de ontdekkingstocht komen de vrienden in gevaarlijke situaties. Locomotief Gator moedigt Percy aan zijn angsten te overwinnen. Terwijl ze het mysterie ontrafelen, ontdekken ze de ware betekenis van moedig zijn.