Donnie Darko is een normale tiener, tot er een vliegtuigmotor op zijn huis stort. Donnie ontsnapt aan de dood, maar krijgt last van hallucinaties en begint zich vreemd te gedragen. Ook de wereld om hem heen staat op z'n kop. Waarom staat ineens het huis van de christelijke zelfhulpgoeroe Cunningham in brand? Waarom wordt zijn favoriete lerares ontslagen? En waarom blijft 'Mrs. Death' op en neer lopen tussen haar huis en haar brievenbus?