Het konijn Roger Rabbit is de grote ster van Toontown. Hij denkt dat zijn vrouw, Jessica, vreemdgaat en huurt privédetective Eddie Valiant in. Niet veel later wordt Marvin Acme, de eigenaar van Toontown, dood aangetroffen. Hij had een affaire met Jessica en nu wordt Roger verdacht van moord. Roger zegt onschuldig te zijn en smeekt Valiant om de echte dader te vinden.