Misato arriveert met haar anti-NERV-groep Wille in Parijs. Het slagschip Wunder landt op de toren. Ze hebben maar 720 seconden om de stad te herstellen. Als een horde NERV-EVA's verschijnt, moet Mari's verbeterde EVA-8 in actie komen. In de tussentijd dwalen Shinji, Asuka en Rei door Japan.